Malgré la prise de conscience de leur valeur et de l'augmentation des moyens mis en oeuvrent pour les préserver, elles continuent à être fortement impactées par des aménagements qui les dégradent ou les détruisent.
Il existe un grand nombre de menaces qui pèsent sur ces milieux :
Cependant, depuis les années 1990, une meilleure prise en compte des zones humides a émergé qui a permis de limiter la dégradation de ces milieux. Mais les zones humides dites « ordinaires », mal connues et peu inventoriées, continuent à subir de forts impacts. C'est généralement l'effet cumulé de la dégradation de ces petites zones humides à l'échelle d'un sous-bassin ou d'un bassin versant qui conduit à des conséquences importantes sur l'environnement (source: www.zones-humides.eau.france.fr).
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