Elles s'établissent sur des terrasses alluviales ou en fond de vallée à proximité de cours d'eau ou sur des replats détrempés. Les crues apportent des sédiments et des matières nutritives qui en font des espaces d'une grande diversité biologique, faunistiques et floristiques. On y retrouve une végétation de type herbacée avec notamment de nombreux graminées et joncs. Ce sont également des zones d'accueil recherchées par les oiseaux migrateurs où ils y trouvent une nourriture abondante. Ces milieux inondables jouent un rôle déterminant dans la prévention contre les inondations et l'épuration de l'eau.
Les landes humides s'installent dans des dépressions, en bas des versants ou en contact des tourbières. Elles se caractérisent par la présence de bruyère à quatre angles et de molinie. Elles peuvent même abriter des sphaignes. Les landes humides sont le plus souvent issues de la déforestation. Si leur entretien par fauche ou pâturage n'est plus assuré, des bouleaux et des saules s'installent, supplantant les landes. Elles abritent une flore souvent rare et menacée, adaptée à des contraintes fortes : Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe), Spiranthe d'été (Spiranthes aestivalis) ou lycopodes (Lycopodium sp.). Pour la faune, les landes humides sont très souvent fréquentées par de nombreuses espèces d'oiseaux.
Les marais se forment dans des zones peu accidentées, mal drainées par le réseau hydrographique, à sous-sol imperméable, à proximité de cours d'eau ou de la mer. On y trouve des espèces végétales adaptées au milieu humide et qui varie selon la hauteur de l'eau, l'importance des périodes d'assèchement et le taux de salinité. Les espèces dominantes sont les poacées (roseaux), typhacées (massettes), les joncacées (joncs) et cypéracées (carex). Les marais abritent également une importante vie sauvage : poissons et amphibiens s'y reproduisent et s'y nourrissent grâce aux insectes qui émergent de ces eaux peu profondes. Hors de l'eau, ces insectes servent aussi de nourriture aux oiseaux et chauves-souris, jouant un rôle essentiel sur la faune locale.
Les tourbières résultent de l'accumulation de matière végétale qui se décompose très lentement à cause du sol gorgé d'eau : c'est ce que l'on appelle la tourbe. Ce sont des milieux fragiles qui mettent de plusieurs centaines d'années à plus de 10 000 ans à se créer. L'intérêt écologique des tourbières réside dans la présence d'espèces végétales et animales originales et spécifiques. C'est le cas des Sphaignes qui peuvent absorber l'eau comme des éponges ou des Droséras, des petites plantes carnivores. Les tourbières peuvent aussi apporter de nombreux renseignements sur le passé en conservant les pollens ou les spores. Cela permet de dater ou de préciser l'état d'un site à un moment donné.
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La forêt alluviale apparaît soit lorsqu'elle est soumise à l'influence des crues du cours d'eau soit là où une nappe phréatique est présente à faible profondeur. Les crues en perturbant le milieu sélectionnent des espèces adaptées (aulne, frêne, saules…) et ralentissent l'évolution de la forêt (phénomènes d'érosion/dépôts). Les forêts alluviales abritent des espèces animales et végétales de fort intérêt patrimonial : orme lisse, loutre, milan noir, balbuzard pêcheur, diverses espèces de papillons… Elles jouent un rôle considérable dans la préservation de la qualité de l'eau et la protection contre les inondations.
Sous l'effet de la dynamique fluviale, les cours d'eau évoluent sans cesse. Les anciens chenaux abandonnés forment des bras morts et constituent des annexes fluviales. La faible profondeur en eau et la présence d'eau stagnante dans ces anciens bras favorisent le développement d'une flore et d'une faune variées. Ces milieux abritent des habitats rares à l'échelle européenne (herbiers de renoncules, végétation de vasières), une avifaune liée à la diversité d'habitats et des zones essentielles pour la reproduction (frayères de Brochet par exemple).
Les mares sont formées de façon variée et correspondent souvent à des dépressions topographiques. L'eau provient des précipitations, du ruissellement ou de résurgences. On y retrouve de nombreuses espèces d'insectes et d'amphibiens qui s'y alimentent et s'y reproduisent (tritons, grenouilles, crapauds). Les mares renferment une vingtaine de formations végétales d'intérêt européen.
Les sources pétrifiantes sont à l'origine des tufières. C'est une eau très chargée en calcaire et en CO2 dissous qui lors de sa sortie de terre se précipite. Cela donne du tuf, une roche à l'aspect assez insolite. Ces sources pétrifiantes abritent une végétation de zone humide particulière : mousses et algues spécialisées et quelques Carex ou Prêles.
C'est une végétation pionnière qui se développe au niveau des bords des torrents et des alluvions formées par débordement lors des crues. On y trouve des communautés d'herbacées dispersées, plutôt à appareil racinaire bien développé, le substrat étant souvent mobile et pauvre en matière organique. Les plus violentes crues rajeunissent le milieu lui permettant de se maintenir à un stade pionnier.
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